WindowsServer2008をNTPサーバにする。
上位NTPサーバとしてlinuxのNTPサーバを参照する。
WindowsServerを参照するNTPクライアントはlinuxサーバを想定する。

(1).NTPクライアントを動作させLinuxNTPサーバと同期する

ファイル名を指定して実行からgpedit.mscを実行

コンピュータの構成⇒管理用テンプレート⇒システム⇒Windowsタイムサービス⇒タイムプロバイダーを選択。

「WindowsNTPクライアントを構成する」を選択する。
有効にチェックを入れる。
Ntp ServerにlinuxNTPサーバのIPアドレスを入力。
種類を[NTP]にする。
[OK]をクリックする。

WindowsNTPクライアントを有効にするを選択する。
有効にチェックを入れる。
[OK]をクリックする。

(2).NTPサーバを動作させる

コンピュータの構成⇒管理用テンプレート⇒システム⇒Windowsタイムサービス⇒タイムプロバイダーを選択。 [Windows NTPサーバを有効にする]を選択有効にチェックを入れる。
[OK]をクリック

コンピュータの構成⇒管理用テンプレート⇒システム⇒Windowsタイムサービスを選択。グローバル構成設定を選択
有効にチェックを入れる。

オプションにて

AnnounceFlagsの値を5にする。

[OK]をクリック

スタートメニューから、管理ツール⇒サービスを選択。

Windows Timeを選択。
サービスの再起動をクリックする。

コントロールパネルから、Windows ファイアウォールを選択
詳細設定を選択
左ペインの受信の規則を選択し、右ペインの新しい規則を選択。

どの種類の規則を作成しますか？
ポートを選択。

TCPとUDPのどちらにこの規則を適用しますか？
UDPにチェック
特定のポートにチェックを入れ、テキストボックスに123と入力。

[次へ]をクリック

接続が指定の条件に一致した場合に、どの字操作を実行しますか?
接続を許可するにチェックを入れる。

[次へ]をクリック

この規則をいつ適用しますか？の画面
ドメイン、プライベート、パブリックすべてにチェックが入っている状態で、[次へ]をクリック

名前に任意の名前を入力し、[完了]を選択

設定確認

w32tm /query /status

w32tm /query /configuration

linuxサーバの/etc/ntp.confにWindowsサーバのIPアドレスを設定する。

ntpd再起動 service ntpd restart

確認 ntpq -p

WindowsサーバのIPアドレスに、*がついていれば成功している。

色々試しながら設定していったので、不要な手順があるかもしれません。
linuxからNTP同期してもなかなかうまくいかず試行錯誤していましたが、
(1)の「WindowsNTPクライアントを構成する」で種類をデフォルトのNT5DSからNTPに変更したら
上手くいきました。

参考: